春ですね。
なっくるです。

今日はFlashからリンクを _blank で呼んだ場合、IEだとポップアップブロックが出ちゃうのをブロックする方法です。

IEで確認してみて下さい。

wmode="window"

wmode="transparent"

wmode="window" だとどちらもポップアップブロック出ませんが
wmode="transparent" にすると、navigateToURL の方はブロックされます。

って事で、ExternalInterface で書いておいた方がいいっぽいですね。