常駐系のメモパッドを作ろうとしてたらタスクトレイにアイコン出す方法は
すぐに見つかったんですがタスクバーから消す方法がFLEXでのサンプルしか
見当たらなかったので、いろいろやってみました。
今回はwindowsのみターゲットです。

基本的には
1.初期のwindowをvisible=falseに↓（***-app.xmlで設定）
　
2.タスクトレイにアイコン追加、クリックイベント設定
3.開きたい時にnativewindowを作成して表示
4.フォーカス失った時の閉じる処理はnativeApplicationにイベント設定
5.基本処理だけなので終了なんかはタスクトレイの右クリックメニューがおすすめ
6.終了しなかったらタスクマネージャーからお願いします。(task_tray_win3)
7.検証しつつやったのでもっと最適化できると思います。

フォーカス関係はnativeApplicationで行います。また、***-app.xmlは、Flashで
アプリケーションの設定をするたびに書き換わるので、毎回falseにしてください。
Macでのアイコン表示も機能的にあるにはあるのですが作ろうとしてたアプリでは
使い勝手面で合わないので外しました。

ソースとAIRファイル

5/7追記
Flashでアプリケーションとインストーラの設定の、詳細設定で初期ウインドウの
表示のチェックを外すことでも初期画面を出さない事が可能でした。
XMLいじらなくていいのでこちらがおすすめです。