JavaScriptと通信する際、ExternalInterfaceを利用すると思いますが、どうもいろいろとくせがありハマってしまうこともありますよね。

ググってみるといろいろな事象があることがわかります。
ExternalInterfaceにハマる (Nega Diary)
_quality | ExternalInterface.call Internet explorerでnullが返ってくる件
など

某案件でJavaScriptと連携して行う処理があったので、例のごとくExternalInterfaceを利用したのですが、いくらやってもやってもIEだけ動かないという状況になりました。
上記のブログで書かれているような、allowScriptAccessのパラメータをalwaysに設定したり、idに「external」を含めてみたりしてもダメで、なんでだーーーー！！と四苦八苦、、、

いろいろいろいろ試行錯誤して、やっとこやーっとこ！！動くようになりました。

原因はFlashを貼り付けているタグの場所がHTMLのformタグの中に書かれていたため。 JSからFlashの関数をたたくときになぜか、FlashのIDが取得できないという状況になってしまう模様です。 お気をつけを！